我们知道在《异形2》的结尾，雷普利成功把异形女王扔出了军用飞船索拉科号（Sulaco）的气闸，然后将几名幸存者安顿好之后就进入冬眠舱准备返回地球。

不过到了《异形3》的开头，索拉科号的冬眠区出现了一只抱脸虫，它用酸液腐蚀了雷普利的冬眠舱之后，将异形女王的胚胎植入到她的身体里。此时舰上AI检测到腐蚀舱盖引发的烟雾，所以启动了应急程序将众人所在的冬眠舱自动转移到救生艇紧急发射出去，坠落在“狂暴”-161监狱星球上，才导致了接下去的故事。不过这同时也给观众留下了一个巨大的疑问，到底是什么造成了索拉科号上的火灾，船上和后来在监狱中出现的抱脸虫又是哪来的呢?

关于这一点最普遍的解释是，异形女王在搭乘运输艇登上索拉科号之后，偷偷在登陆艇的某个角落里产下了一枚异形卵（虽然当时的女王并没有产卵器，但是许多人认为它的身体里还藏着最后一枚卵）。

雷普利救出纽特的时候顺道端掉了一窝异形卵，女王被惹毛之后连自己的产卵器都不要，直接扯掉就追了上去。

正是这枚卵中诞生的抱脸虫在等待众人冬眠之后破坏了雷普利的冬眠舱，将女王胚胎注入到她体内。但是这个解释还存在一些不合理的地方，因为女王从登上索拉科号到被雷普利推出气闸，它的活动范围就一直在飞船的机库，而《异形3》的片头却显示这枚异形卵位于飞船核心区的冬眠舱附近。

所以笔者觉得关于这部分情节应该还有更合理的解释。

生化人-“主教”

“主教”并不像一代中的“艾什”那样是个反派，相反正是他在危急时刻驾驶登陆艇从平台上接走了处于绝望中的雷普利和纽特，最后在索拉科号上的决战中被女王偷袭撕成两截。虽然“主教”的这些行为给观众留下了比较正面的印象，但是这只能说明它是个合格的随船生化人而已，危急时刻营救船员的性命本来就是他的本职工作。

当雷普利一行人被困在LV-426的殖民地建筑里，众人推举“主教”独自前往控制台遥控索拉科号上的另一艘登陆艇下来接走幸存的人们，他完全有机会将一枚异形卵偷偷藏匿在登陆艇上带回索拉科号。这也就可以解释为什么他们刚刚回到索拉科号的时候，AI并没有提示舰上存在不明生物体（异形女王），因为“主教”已经事先将其关闭以避免异形卵被发现。

要知道“主教”的身份并没有改变，他依然是维兰德-汤谷公司生产和控制着的生化人。对于“主教”来说，公司利益永远是首要目标，当两者不冲突的时候，他完全可以表现得像个忠诚的船员；但是一旦公司利益同船员利益发生冲突，他依然还是会毫不犹豫地牺牲船员（《普罗米修斯》以及《异形：契约》当中的大卫也同样如此）。

关于“狂暴”-161上的抱脸虫

《异形3》的删减片段中，曾经出现过一种特殊的抱脸虫，被称为“皇家抱脸虫”（royal facehugger）。它们的体型相比普通抱脸虫更大，并且能够在不同的宿主身体内注入多个胚胎（其中还包括女王胚胎）。暗示感染了雷普利的抱脸虫和在“狂暴”-161上感染了监狱动物的抱脸虫其实是同一只。

当然，如果我们把游戏作品的剧情也考虑进去的话，那就还有另一种可能性。2013年的射击游戏《异形：殖民军》当中，早在雷普利她们那支陆战队出状况之前，卡特·伯克就已经把LV-426上存在异形生物的信息发回维兰德-汤谷公司总部。所以在《异形2》结束后不久，就有另一艘维兰德公司的科学考察船勒加托号（USS Legato）赶来拦截索拉科号。只不过勒加托号后来自己作死，在LV-426上招惹了大量异形导致团灭，进一步也把索拉科号给拖下了水。

不过这个解释同样存在着一些漏洞，比如维兰德公司既然已经派出了勒加托号并且知道索拉科号的具体位置，那么他们必然也会知道雷普利的救生艇坠落在附近的“狂暴”-161监狱星球（游戏内的情节暗示正是维兰德公司引导飞船把救生艇朝“狂暴”-161的方向发射），但是电影中他们却丝毫没有准备，直到监狱工作人员将雷普利的生理信息回传之后才姗姗来迟，显然不符合他们的作风。