地理位置不同：
两地相距不远，都是为了缓解广州站人流量而建立的。广州南站地处于中国广东省广州市番禺区石壁街道石壁村。与广州南客运站相距小于50m。而广州东站位于广州市天河区林和街道东站路1号。是广州地铁1号线和3号线的换乘站。
车站规模等级不同：
从开始运营到2010年，广州南站就共计拥有十五个个站台，其中包括2个侧台以及13个岛式台，除此外广州南站拥有28站台面以及股道，南站共有四层，自下而上依次是地铁站、进出站、高架站台城和高架候车层。是华南地区最大、最全面的高速铁路枢纽。广州东站：截至2016年9月，广州东站已建成4条干线和10条干线，4个站台，10个出口，车站编号1-01,3-18。运行时不仅穿过市区，还途经广州地铁11号线和18号线。是广州市接驳功能比较齐全的交通站点。
车站运营路线不同：首先广州南站是一个高铁站，是属于服务区际干线铁路，所以就没有火车运营线路，但是有通往各地的高铁线路，比如说京广线、贵广线等路线。而广州东站则是具有火车组的，现今真正在运营的的轨道线路有广九铁路、广深铁路以及广梅汕铁路，每天都有许多班次的的列车发动，最近几年正在修建的线路有广汕铁路和穗莞深城际铁路。
